Protein Visualization and Haptics

Abstract: Applikationen Chemical Force Feedback (CFF) för haptisk och visuell molekylrendering som har utvecklats på Linköpings Universitet för att testa nyttan av haptik för undervisning av protein-ligand dockning för molekylär livsvetenskap behöver förbättras på ett antal punkter för att bättre kunna fungera som ett komplett molekylvisualiserings-verktyg. Tidigare projekt som utvecklat applikationen har fokuserat mestadels på den haptiska delen av programmet, vilket gjort att den visuella aspekten kommit efter. Det här examensarbetet har implementerat diverse ny funktionalitet både för att förbättra direkt kännbara aspekter av programmet, samt att lägga grunden för framtida utökningar. De huvudsakliga förbättringarna som det här exjobbet resulterat i inkluderar: För det första, integration av DSSP-algoritmen i programmet har gjort information om sekundärstrukturen hos protein tillgänglig för visualisering. För det andra, ett nytt renderings-system tillåter rendering av semitransparenta ytor på ett korrekt sätt samtidigt som det skapar en program-struktur som bättre lämpar sig för implementation av nya molekylrepresentationer. För det tredje, en filvals-komponent som fungerar i den haptiska scengrafen har designats för att göra programmets användargränssnitt mer tillgängligt.