CRISPR Screen to Identify Genes Regulating Melanoma Cell Invasiveness

Abstract: Maligna cancerceller har förmågan att sprida sig okontrollerat i kroppen och metastasera till avlägsna organ. Kritiskt i metastaserings processen är cancercellers förmåga att invadera närliggande vävnader innan de sprider sig vidare ut i kroppen. Att ha en förståelse för mekanismerna som bidrar till cancercellers invasiva egenskaperna kan därför leda till upptäckten av nya läkemedel som kan förhindra metastaser. Den här studien undersökte därför de invasiva egenskaperna hos humana melanomceller in vitro med en CRISPR knockout screen. Först utvärderades tre poolade CRISPR bibliotek, där ett av dem valdes ut till en slutgiltig screen. När gRNA representationen för det utvalda epigentiska knockout biblioteket hade validerats, genererades ett lentiviralt bibliotek för transducering av A375 melanomceller. Förmågan hos melanomcellerna att invadera genom epitelmembran undersöktes sedan med en optimerad invasionassay med Matrigel invasion chambers. Transducerade melanoma celler tillsattes till den övre kammaren och fick migrera genom Matrigelen mot den nedre kammaren som hade en högre koncentration av kemoattraktant. Därefter extraherades celler från den övre och nedre kammaren separat och deras genomiska DNA isolerades. Sekvenseringsbiblioteket genererades med PCR och sekvenserades med Illumina next-generation sekvenserings teknologi. Denna rapport innehåller dock inte sekvenseringsdata från en CRISPR knockout screen.