Studie av tarmflorans sammansättning och årstidsvariation i grovtarmen hos travhästar med grovfoderdiet

Abstract: Syftet med projektet var att undersöka årstids- och den individuella variationen av normala tarmfloran hos travhästar utfodrade med en grovfoderdiet. Hästar är grovtarmsjäsare med ett komplex mikrobiellt ekosystem anpassat för betning av foder med högt fiberinnehåll och lågt energiinnehåll. För att i framtiden kunna veta och jämföra hur olika fodermedel påverkar och förändrar det mikrobiella ekosystemet i hästens mag- och tarmkanal är det av intresse att även veta hur ekosystemet ser ut hos hästar utfodrade med ett naturligt anpassat foder. En större förståelse om hästens biologi och tarmflora är väsentligt att veta för att undvika och behandla tarmsjukdomar. Från 16 stycken hårt tränade travhästar har träck- och foderprov samlats under ett helt år. Vid 9 tillfällen har prover analyserats från alla 16 hästar för att studera mikrobiotans årstidsvariation samt vid 3 tillfällen för 4 av hästarna har prover samlats in under tre efterföljande dagar och analyserats för att studera mikrobiotans dagsvariation. Foderprov har analyserats från 6 tillfällen. Prover togs från hästarnas träck och DNA extraherades, 16S genen amplifierades med PCR (Polymeras kedjereaktion) och T-RFLP (Terminal- Restriction Fragment Length Polymorphism) i kombination med kloning och sekvensering användes för att analyserades bakterieflorans profil. Resultatet från sekvenseringen visar att väldigt få bakterier från träckproverna tidigare var beskrivna i de använda databaserna. Sekvensdatan dominerades av sekvenser klassificerade som Firmicutes med 61 % följt av Bakteroidetes med 32 %. T-RFLP i kombination med kloning och sekvensering dominerades av bakterierna Prevotella och Clostridiales. Resultatet från T-RFLP analysen visade inte någon klustring mellan individerna. Däremot verkade det finnas likheter som tyder på en skillnad i mikrobiotan mellan årstiderna. Denna skillnad tyder på en utveckling av tarmfloran alternativt att tarmfloran förändrats till följt av det gräs hästarna fått i sig under sommarhalvåret.