Jämförelse mellan okulär och molekylär diagnostisering av stråbassjukdomar i höstvete

Abstract: I dagens jordbruk baseras diagnoser och rekommendationer kring kemisk be-kämpning till stor del på okulär diagnostisering gjord i fält. Den okulära diagnostise-ringen är ett bra verktyg, men i vissa fall är det svårt att se skillnad på liknande symtom orsakade av olika patogener. Ett sådant fall är stråbassjukdomarna: stråknäckare orsakad av Oculimacula spp., skarp ögonfläck orsakad av Rhizoctonia cerealis och stråbasröta orsakad av Fusarium spp. Stråbassjukdomar är idag inte ett stort problem i Sverige, men kan i framtiden bli ett större problem. På grund av detta behövs det ett effektivt sätt att diagnostisera dessa sjukdomar. Syftet med rapporten är att jämföra okulär och molekylär diagnostisering av dessa sjukdomar. Prover som diagnostiserats okulärt har i det här arbetet genomgått en molekylär diagnostisering i form av en PCR-analys. Resultaten jämfördes med varandra för att se hur bra metoderna stämde överens. Till undersökningarna användes prover från ett fält i Skåne och ett i Uppland, från vilka individuellt graderade strån undersökts. Resultatet visar att det finns skillnad mellan fälten gällande hur god samstämmigheten var mellan den okulära diagnosen och den molekylära diagnosen. I fältet i Skåne stämde inte diagnoserna med varandra i 63% av fallen då det var en överdiagnostisering, dvs fler strån graderades som sjuka än vad PCR-analysen visade positivt resultat för svampen, vid den oku-lära diagnostiseringen. Den okulära- och molekylära diagnostiseringen från fältet i Uppland stämde inte överens i 28% av fallen, även där på grund av en överdiagnos-tisering i den okulära diagnosen. Beroende på sjukdom varierade det om det över- eller underdiagnostiserats. Stråbasröta orsakad av Fusarium spp. hade flest felgraderingar, sjukdomen verkar därmed vara svårast att okulärt diagnostisera och var överdiagnostiserad i båda fälten. Symtom orsakade av Fusarium spp. kan dock förväxlas med symtom av Microdochium spp. som det inte testades för i PCR-analysen i detta arbete. I Skåne överdiagnostiserades 39% av de undersökta stråna för stråbasröta orsakad av Fusarium spp. och i Uppland 18% av stråna. Två arter som orsakar stråknäckare, Oculimacula yallundae och Oculimacula ac-uformis, testades med hjälp av PCR-analys. Andelen ej överensstämmande diagno-ser var 20% i Uppland och 26% i Skåne. Av resultaten från PCR-analysen framgår det att O. acuformis hade högre förekomst i fältet i Skåne än fältet i Uppland. Skarp ögonfläck orsakad av Rhizoctonia cerealis visade inga synliga symtom i Uppland. I den molekylära diagnostiseringen detekterades ett smittat strå, vilket gav en underdiagnostisering på 3%. I proverna från Skåne var det en viss överdiagnos-tisering och 18% av diagnoserna stämde inte överens med det molekylära under-sökningarna. Skillnaden mellan de okulära- och de molekylära diagnoserna beror till stor del på en överdiagnostisering. Det kan delvis bero på att de olika sjukdomarna har lik-nande symtom, men även av att vissa av symtomen kan vara orsakade av fysiolo-giska skador. En annan orsak kan vara primrarna som användes vid den molekylära diagnosen. Beroende på hur artspecifika och känsliga primrarna är kan de ge en felaktig uppfattning. Även tolkningen av det molekylära resultatet kan leda till felbe-dömningar. För att få en god diagnostisering bör man använda sig av båda meto-derna. Den okulära diagnostiseringsmetoden är viktig då den är lättillgänglig och tidseffektiv och oftast är det den enda möjliga diagnostiseringsmetoden. En kombi-nation av båda, speciellt när man skapar eller omvärderar bekämpningströsklar och lär sig att göra en okulär analys, rekommenderas.