Essays about: "spatial transcriptomics"

Showing result 1 - 5 of 8 essays containing the words spatial transcriptomics.

  1. 1. Chromatin accessibility analysis of spaceflight mouse brains using ArchR

    University essay from KTH/Genteknologi

    Author : Raphaël Mauron; [2023]
    Keywords : Single nuclei ATAC-sequencing; Space Biology; DNA Chromatin accessibility; Neurodegenerative; ArchR; ATAC-sekvensering av enskilda kärnor; rymdbiologi; tillgänglighet av DNA kromatin ; neurodegenerativa sjukdomar; ArchR;

    Abstract : Mänsklig utforskning av månen och Mars innebär stora utmaningar för människans fysiologi och hälsa på grund av de unika miljöfaktorer som följer av långvariga rymduppdrag. Rymdbiologiska experiment har blivit ett viktigt verktyg för att studera effekterna som mikrogravitation och rymdstrålning har på levande organismer, i syfte att förstå och minska dessa utmaningar. READ MORE

  3. 2. Developing Automated Cell Segmentation Models Intended for MERFISH Analysis of the Cardiac Tissue by Deploying Supervised Machine Learning Algorithms

    University essay from KTH/Kemi

    Author : Julia Rune; [2023]
    Keywords : Cell Segmentation; Cellpose; Supervised Machine Learning; MERFISH; Heart Failure; Cellsegmentering; Cellpose; Övervakad Maskininlärning; MERFISH; Hjärtsvikt;

    Abstract : Följande studie behandlar utvecklandet av automatiserade cellsegmenteringsmodeller med avsikt att identifiera gränser mellan celler i hjärtvävnad. Syftet är att möjliggöra analys av data genererad från multiplexed error-robust in situ hybridization (MERFISH). READ MORE

  4. 3. Predicting tumour growth-driving interactions from transcriptomic data using machine learning

    University essay from Uppsala universitet/Neuroonkologi och neurodegeneration

    Author : Mathilda Stigenberg; [2023]
    Keywords : cancer; immunology; cell-cell interactions; deep learning; variational autoencoder; supervised variational autoencoder; tumour microenvironment; single-cell RNA sequencing; spatial transcriptomics; breast cancer; machine learning;

    Abstract : The mortality rate is high for cancer patients and treatments are only efficient in a fraction of patients. To be able to cure more patients, new treatments need to be invented. Immunotherapy activates the immune system to fight against cancer and one treatment targets immune checkpoints. READ MORE

  5. 4. Identifying cell type-specific proliferation signatures in spatial transcriptomics data and inferring interactions driving tumour growth

    University essay from Uppsala universitet/Neuroonkologi och neurodegeneration

    Author : Felix Wærn; [2023]
    Keywords : spatial transcriptomics; breast cancer; dimensionality reduction; bioinformatics; deconvolution;

    Abstract : Cancer is a dangerous disease caused by mutations in the host's genome that makes the cells proliferateuncontrollably and disrupts bodily functions. The immune system tries to prevent this, but tumours have methods ofdisrupting the immune system's ability to combat the cancer. READ MORE

  6. 5. Benchmarking of computational methods for Spatial Transcriptomics Data analysis

    University essay from KTH/Proteinvetenskap

    Author : Nima Taherpour; [2022]
    Keywords : Spatial Transcriptomics; Scanpy; Squidpy; Giotto; Seurat;

    Abstract : Ökningen av sekvenseringsdata har skapat ett behov av att ta fram nya och flexibla analysmetoder för att kunna analysera datan. Många sekvenseringsteknologier har utvecklats genom åren, med olika syften och de är idag mer specialiserade. READ MORE