Vinst och förlust : en fylogenetisk studie av kloroperoxidas-liknande enzym hos jästsvampar

Abstract: Knoppjästsvampar är en typ av svampar med encellig morfologi. Knoppjästsvampar utgör Saccharomycotina, en understam till Ascomycota och innefattar mer än 1000 idag beskrivna arter, bland annat bakjästen Saccharomyces cerevisiae. Trots att S. cerevisiae är en av de mest studerade eukaryota organismerna förekommer ett stort antal andra arter av knoppjästsvampar som först nyligen sekvenserats och där ytterst få funktioner hos gener är kartlagda. Gener utan klarlagda funktioner brukar kallas ”orphan genes”. Som grund för den fylogenetiska analysen i detta projekt ligger en icke-karaktäriserad genfamilj hos knoppjästsvampar som kodar för ett förmodat kloroperoxidas. Syftet var att försöka upprätta en hypotes om enzymets funktion baserat på de ekologiska förhållanden där arter av knoppjästsvampar med denna typ av gen återfinns. Sökningar gjordes efter homologa sekvenser till den valda genen, både inom gruppen knoppjästsvampar och inom andra taxonomiska grupper. De påträffade homologerna låg till grund för konstruktionen av ett fylogenetiskt träd som sedan användes som underlag för en hypotes om relationen mellan de kloroperoxidas-liknande gener som påträffades. Undersökningen resulterade i ett fylogenetiskt träd där endast en del av alla arter av knoppjästsvampar bildade en monofyletisk grupp. Cirka två tredjedelar av de påträffade sekvenserna bildade en större monofyletisk grupp, medan de andra sekvenserna bildade mindre grupper som visade närmre släktskap med bakteriella kloroperoxidaser. Denna polyfyletiska fördelning av sekvenser från knoppjästsvamparna tyder på att nära evolutionärt släktskap finns mellan dessa och de bakteriella sekvenserna i analysen. Detta släktskap kan bero på en eller flera fall av horisontell genöverföring från bakterie till knoppjästsvamp.