Extraction method comparison for PCR analysis of human samples

Abstract: Den här studien genomfördes för att jämföra två instrumentuppsättningar, EasyMag och Kingfisher Flex, med avseende på effektivitet i förmåga att extrahera DNA och RNA inför diagnostiska tester med PCR. Studien utfördes SYNLAB Sverige AB i samband med avslutandet av allmän screening för Covid-19 och övergång till IVDR godkända instrument. Extraktionerna analyserades i diagnostiska test av olika ursprung (Sars-CoV-2 RNA, dermatofyt DNA och human genotypning av laktosintolerans LCT-13910 variant). Projektet inkluderar testning och utvärdering av instrumentens extraktionsförmåga samt diskussion kring när respektive instrument lämpar sig mer. Analyserna visade ingen signifikant skillnad mellan kvalitén i något av de extraherade materialen, men det fanns en antydan till att EasyMag extraherade dermatofyter effektivare (spädning serie-experimentet p=0,00006, n=15; övergripande analys p=0,057, n=35, parat t-test), i synnerhet då koncentrationerna var låga. Från ett handhavande perspektiv var EasyMag enklare att variera mellan de olika extraktions metoderna, medan Kingfisher var behändigare när man arbetade med fler prover. Därför är slutsatserna att Kingfisher är lämpligare vid höga provvolymer låg variation av metoder medan EasyMag är lämpligare med mindre provvolymer och många olika extraktions metoder.